Ünye Meslek Yüksekokulu, mülkiyeti Üniversitemize ait kendi binasında 2006- yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulmuş, 5467 sayılı kanunun 17.03.2006 gün ve 26111 sayılı resmi gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmesi ile de Ordu Üniversitesine bağlanmış ve 2007-2008 öğretim yılından itibaren eğitim öğretime başlamıştır.
Kuruluş aşamasında Yüksekokulumuzda Bilgisayar Teknolojileri Bölümü ile Muhasebe ve Vergi Bölümü adı altında iki bölümü içinde yer alan Bilgisayar Programcılığı Programına 42, Muhasebe ve Vergi Bölümü içinde yer alan Muhasebe ve Vergi Uygulamaları programına da 45 öğrenci alınarak eğitim öğrtime başlanmıştır.Söz konusu programların II.Öğretim programları 2008/2009 Öğretim Yılında öğrenci alarak eğitim öğretim faaliyetleri I. ve II. Öğretim olarak sürdürülmüştür.Daha sonra sırasıyla Yönetim ve Organizasyon Bölümü İnsan Kaynakları Yönetimi Programı,Elektronik ve Otomasyon Bölümü Elektronik Teknolojisi Programı, Lojistik Programı ve son olarak ise 2016/2017 Eğitim öğretim yılında Mimarlık ve Şehir Planlama Bölümü Mimari Restorasyon I.Öğretim ve II.Öğretim Programları öğrenime açılmıştır.